Yak-12 đầu tiên được bắt đầu hoạt động trong không quân Xô viết như một máy bay liên lạc và quan sát pháo binh. Sau đó, chúng được sử dụng trong hàng không dân dụng Xô viết - phần lớn trong câu lạc bộ hàng không DOSAAF, với nhiệm vụ vận chuyển, huấn luyện phi công, huấn luyện nhảy dù, và kéo tàu lượn. Chúng cũng còn được sử dụng với mục đích cứu thương và máy bay nông nghiệp.

Ngoài Liên Xô, Yak-12 còn được sử dụng ở Ba Lan, Tiệp Khắc, Nam Tư - trong hàng không dân dụng và hàng không quân sự, và trong hàng không dân dụng ở Hungary. Giấy phép sản xuất được cấp cho Trung Quốc (sản xuất bởi hãng Shenyang) và các quốc gia khác. Trong một số quốc gia, bao gồm Ba Lan và Tiệp Khắc, tên gọi từ tiếng Nga được sao chép lại thành Jak-12.

Trong Không quân Ba Lan, khoảng 90 chiếc Yak-12 đã được sử dụng từ năm 1951, để làm máy bay liên lạc, tuần tra và mục đích chung. Hầu hết được đưa ra khỏi biên chế vào thập niên 1970, và cuối cùng là trong những năm 1980. Một số lượng lớn được chuyển sang sử dụng trong hàng không dân sự. Hàng không dân sự Ba Lan sử dụng chúng lần đầu tiên vào năm 1952, một số lớn được sử dụng từ thập niên 1960 (ít nhất là 79 chiếc). Chúng được sử dụng trong các câu lạc bộ hàng không địa phương để huấn luyện phi công, nhảy dù, vận chuyển và kéo tàu lượn. 21 chiếc đã được sử dụng làm máy bay cứu thương.

Một vài chiếc Yak-12 (phần lớn là Yak-12A) vẫn còn được sử dụng cho đến ngày nay trong các lĩnh vực dân sự trên thế giới.